Né à Châteauroux en 1866, Eugène Hubert consacre toute sa vie à l’histoire et aux archives de l’Indre. Un héritage familial en quelque sorte, puisque son père, Théodore Hubert, est archiviste de l’Indre pendant plus de trente ans. Après des études classiques, il devient attaché, en 1882, aux côtés de son père, aux archives de son département natal. Il se lance alors dans des études historiques et archéologiques qui donnent lieu à de nombreuses publications dans des revues locales. Ces écrits annoncent des œuvres plus importantes comme le Dictionnaire historique, géographique et statistique de l’Indre publié en 1889.
En 1891, il entre à l’Ecole des chartes. En marge de ses études, il se plonge dans les fonds des Archives nationales, de la Bibliothèque nationale et d’autres dépôts parisiens, pour relever les documents et les notes concernant le Bas-Berry.
En 1895, il soutient une thèse sur la géographie historique du Berry – thèse jamais publiée, mais dont on retrouve de nombreux éléments dans certains de ses travaux, et surtout dans son grand ouvrage sur le Bas-Berry – et succède à son père aux archives. En plus de sa charge professionnelle, il continue à collaborer régulièrement à des revues locales (Revue archéologique, historique et scientifique du Berry, Revue du Centre, Bulletin du musée de Châteauroux), proposant des articles originaux, vivants, d’une extrême diversité, illustrés de ses propres dessins ou de ses photographies.
Au début des années 1900, il possède des sources de l’histoire de cette région une connaissance inégalable, qu’il doit à vingt ans de pratique et d’expérience quotidiennes dans les fonds des Archives départementales. Au-delà de cette connaissance historique, il se montre curieux à l’égard des hommes et des témoignages de leurs activités passées et présentes, n’hésitant pas à sillonner le département pour aller à la rencontre des gens et des vestiges, le plus souvent à bicyclette et chargé de son matériel photographique.
Et c’est ainsi qu’en décembre 1902, Eugène Hubert publie le premier fascicule du Bas-Berry, histoire et archéologie du département de l’Indre comprenant le canton d’Ardentes. Cette remarquable et magnifique entreprise, la grande œuvre de sa vie, va continuer en dépit des difficultés matérielles rencontrées. En 1905 et 1908, les cantons d’Argenton et de Buzançais donnent naissance à deux nouveaux fascicules, encore plus denses que le premier. Les trois fascicules correspondent à plus de 600 pages de format grand in-quarto. En 1930, paraît un quatrième fascicule, le premier de ceux qui devaient être consacrés à Châteauroux et Déols.
Frappé par la maladie, Eugène Hubert s’éteint le 7 février 1940 à Châteauroux, léguant aux générations futures une œuvre patrimoniale magistrale et exceptionnelle mais malheureusement inachevée.